Для обеспечения хирургической помощи детям на базе Института функционирует три операционных в составе операционного блока и один рентгеноперационный кабинет.
Каждая операционная оснащена современным оборудованием в соответствии с требованиями каждого хирургического профиля: электрогидравлические операционные столы, бестеневые светильники, электрокоагуляторы, эндоскопические консоли, операционные микроскопы и т.п., а также аппаратура для анестезиологического пособия пациентам вне зависимости от возраста и тяжести их заболеваний.
При сохранении универсальных возможностей каждая из операционных имеет свою специфику, что требует дополнительных опций в микроскопах, настроек эндоскопических стоек, наборов особого инструментария и расходного материала. Так, например, в 1-й операционной осуществляются, преимущественно, нейрохирургические операции, при которых задействовано нейронавигационное оборудование, высокоскоростные нейрохирургические дрели, модули фиксации для операционного стола, дополнительные мониторы для интраоперационной демонстрации результатов МРТ и/или КТ исследований.
2-я операционная модифицирована для операций оториноларингологического профиля: установки для применения риношейвера – электромеханического инструмента с вращающейся фрезой для эндоскопических ЛОР-операций.
3-я операционная является универсальной и предназначена для уроандрологических, офтальмологических, общехирургических и ортопедических операций.
В рентгеноперационном кабинете проводится весь спектр вмешательств для хирургического лечения аритмий.