Основной задачей обучения врачей является подготовка высококвалифицированных специалистов

Специалисты, прошедшие профессиональную подготовку на базе Института крайне востребованы, они работают на самых ответственных постах в различных регионах России, возглавляют клиники, являются ведущими специалистами во многих областях педиатрии. Такой результат является следствием активной и продуктивной работы педиатрических школ Института, которые всегда работали на передовых рубежах педиатрической науки.

В настоящее время Институт имеет в своей структуре 14 научных отделов и 2 федеральных Центра (Детский научно-практический центр нарушений сердечного ритма, Детский научно-практический центр противорадиационной защиты), научно-педагогический персонал с высоким уровнем профессионализма; современную научно-техническую базу, позволяющую проводить научные исследования.

Научно-исследовательский клинический институт и детской хирургии имени академика Ю. Е. Вельтищева ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н. И. Пирогова Минздрава России является базой для обучения в  клинической ординатуре по специальностям «педиатрия», «детская кардиология», а также в очной аспирантуре по специальности «педиатрия». Обучение проводится на бюджетной и контрактной основе.