Фонд научной библиотеки насчитывает 16500 экземпляров изданий научно-медицинской литературы. Библиотека располагает изданиями, написанными сотрудниками нашего института и имеющими большое практическое применение по многим направлениям педиатрии: детская кардиология, аритмия и ЭКГ, пульмонология и редкие заболевания легких у детей, урология, генетика, нервные детские болезни, гастроэнтерология и питание детей, фармакотерапия в педиатрии и детской хирургии. В фонде есть уникальные и не потерявшие своей актуальности лекции академика Ю.Е. Вельтищева, посвященные иммунитету, росту и развитию ребенка. Можно ознакомиться с материалами Всероссийского конгресса «Современные технологии в педиатрии и детской хирургии», ежегодно проводимого с 2002 года. В наличии библиотеки 1173 диссертации на соискание ученой степени доктора и кандидата медицинских наук по специальностям педиатрия и детская хирургия, защищенные на базе института.